EVENTO
PredRep: Predição de rede de interação proteína-proteína por análise combinada de evidências de interação e Representação semântica da rede
Tipo de evento: Seminário de Avaliação - Série A
As interações entre proteínas são importantes devido estarem envolvidas em diversos mecanismos regulatórios, os quais podem implicar em uma série de funções biológicas nos organismos vivos. As interações podem ser detectadas seguindo diferentes evidências (características extraídas das ropriedades das interações) de acordo com diferentes métodos. Interações preditas computacionalmente podem ser validadas em laboratório ou submetidas a simulações computacionais. O uso de diferentes evidências pode ajudar na identificação de aspectos singulares que confirmam ou descartam uma possível interação por meio de metodologias de machine learning. O presente projeto propõe combinar diferentes evidências com uso de machine learning de forma a gerar uma rede de interação proteína-proteína mais ampla e robusta que os recentes trabalhos de predição, outro objetivo é a criação de uma rede com a possibilidade de filtro por tipos de evidências. Entre os resultados obtidos, foi montado um workflow (PredRep) combinando metodologias para predição de interações entre proteínas, tratando desde a aquisição e preparação de dados para os métodos selecionados previamente até a avaliação dos resultados. Além disso, o PredRep foi testado utilizando seis conjuntos de dados (3 compostos pelo DIP, HPRD e BioGrid e outros 3 compostos pelo STRING) e os experimentos mostraram precisão e acurácia de mais de 95%. Tais resultados para os métodos mostraram-se superiores a diferentes trabalhos que se propõem a fazer predição de interações entre proteínas.
Data Início: 23/09/2019 Hora: 13:30 Data Fim: 23/09/2019 Hora: 17:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Sala 06 - Pós-Graduação
Coordenadores: Marcos Garcia Todorov - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - todorov@lncc.br
Contato: Roberta Machado - mroberta@lncc.br
Secretaria: Roberta Machado - LNCC -
